ＮＰＯも法人格の有無に関係なく、税法上の収益事業を行っていれば課税される。任意団体（→「法人と任意団体」、「人格なき社団」）の場合は、法人税法、所得税法、地方税法の適用を受けて課税され、贈与税、相続税などはその団体の代表となる個人に課税される。ＮＰＯ法人は権利能力があると見なされるため、贈与税、相続税も団体に課税される。任意団体だったものがＮＰＯ法人格を取得しても、ＮＰＯ法人の課税の扱いに変化はなく、課税に対する軽減などはない。しかし地方自治体によっては、ＮＰＯ法人の地方税の減免の制度を創設しているところもあり、法人を取得することにより地方税が減免される場合はある。法人税に関しては、税法上の収益事業（→「33業種」）を行っていれば課税される。