所轄庁とは、一定の事項について管轄し、監督する行政機関のことで、NPO法では、法人格を取ろうとする団体の事務所がひとつの都道府県内に存在するときはその都道府県、2つ以上の都道府県に事務所があるときは内閣府が所轄庁となると定められている。従ってNPO法人を設立する場合、団体の事務所が一つの都道府県だけに所在する場合はその都道府県に、事務所が2都道府県以上にまたがって存在している場合は内閣府に書類を提出し、都道府県の場合は知事、内閣府の場合は内閣総理大臣の認証を受けることになる。NPO法では、所轄庁は、団体から提出された法人申請書類が法令の規定に違反していなければ、4カ月以内に認証しなければならないと定められている。