NPOの経営では、資金繰りのことを十分考えておく必要があります。
財源によって、その支払い方法や、その資金の使い道に制限がある場合が多いのです。
助成金や補助金の多くは、事業費に対して支払われるので、経理や通常の通信費などの管理費に回せなかったり、一部しか当てられないということが一般的です。また、常勤スタッフの人件費に当てられない場合もあります。助成金をたくさん受けると、事業はしやすくなりますが、その事業をするために、NPOの管理部門も当然さまざまな作業をする必要が生じます。しかし、管理費が助成金ではまかなえないために、管理費は別途資金集めをしなければならなくなります。事業をすればするほど、団体の経営が苦しくなるということもありえるのです。
また、助成金や補助金は、一度にまとまった金額が受けられるのですが、事業が終わるとその分一気に資金がなくなるということになります。民間の助成金は、１年単位だったり、長くても３年程度の資金援助が受けられるだけです。この助成金などを頼りに団体の職員を雇ったりすると、助成がなくなったとき、いきなり大リストラせざるを得なくなるということにもなりかねません。せっかく始めた事業自体も続けられなくなってしまう場合もあります。
補助金などでは、事業費の半分を補助するというものがたくさんあります。つまり、その事業の資金の半分は自ら集めなければならないわけで、集められなければ、補助金が最終的に受けられないということもあります。後払いの補助金もあり、最初に自己資金がを準備しておかなければならない場合もすくなくありません。助成金も補助金も支出できる科目が決められていることも大きな制約となります。行政の委託事業にも、助成金と同じようなリスクがあります。